남녕고등학교는
2011년 교육과학기술부 지정 과학중점학교 운영
2020년 제주형 과학중점학교 지정 및 운영

• 미래 시대에 필요한 기초 과학·수학 · 정보· 환경 교육 강화
• 일반계 고등학교의 특성화된 교육과정을 통해인문사회 소양과 심도 있는 과학지식과 역량을 갖춘 인재 양성
• 고교학점제 도입에 따른 학생의 과목 선택권 보장 및 발전적 교육과정 방안 모색